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Minerva Medica 2012 August;103(4):293-7

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lingua: Inglese

Confronto del metodo di genotipizzazione del virus dell’epatite C mediante sequenziamento genico della regione non-strutturale 5B

Pagani E. ¹, Huemer H. P. ², Pasquetto V. ¹, Cemin C. ¹, Molon L. ¹, Rossi P. ¹, Larcher C. ¹ ✉

¹ Laboratory for Microbiology and Virology, Azienda Sanitaria dell’Alto Adige, Bolzano, Italy; ² Department of Hygiene, Microbiology and Social Medicine, Innsbruck Medical University, Innsbruck, Austria

Obiettivo. Lo studio condotto si è proposto di confrontare il metodo genotipizzazione del virus dell'epatite C (HCV) mediante sequenziamento genico della regione non-strutturale 5b (NS5B) con il sistema commerciale d'ibridazione basato sulla tipizzazione della regione conservata non tradotta 5'UTR.
Metodi. Centoventi campioni di plasma prelevati da pazienti HCV positivi sono stati analizzati mediante sequenziamento della regione NS5B e con il metodo combinato Cobas® AmpliPrep/Cobas® TaqMan96® PCR e Versant® HCV Genotype 2.0 Assay (LiPA).
Risultati. I risultati ottenuti hanno dimostrato il 100% di concordanza dei due metodi relativamente alla genotipizzazione, ma solo dell'83% per quanto riguarda la definizione del sottotipo. 17 campioni tipizzati quali 1b mediante ibridazione sono stati classificati come 1a quando sottoposti al sequenziamento della regione NS5B. Tale differenza è stata ulteriormente confermata dall'analisi di sequenza della regione 5'UTR. A differenza del sistema di sequenziamento NS5B utilizzato, quello commerciale combinato ha dimostrato non solo di classificare erroneamente il 38,6% degli isolati 1b, ma anche di non essere in grado di distinguere i sottotipi 2a/2c e 4a/c/d, come anche di non mettere in evidenza la presenza di un nuovo sottotipo in circolazione (10a/3k).
Conclusioni. Lo studio ha evidenziato come il metodo basato sulla tipizzazione della regione 5'UTR, pur permettendo la rapida determinazione dei genotipi di HCV, fallisca la corretta identificazione dei sottotipi in diversi campioni, con importanti implicazioni per gli studi epidemiologici o per le valutazioni forensi atte a definire le catene di trasmissione di HCV.